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Rubicon SMARTer PP Gold 測序試劑盒

技術信息：

Code No.          產(chǎn)品名稱                                                                              包裝量

R300669   SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-seq Kit      24 Rxns

R300670   SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-seq Kit     96 Rxns

R300698   SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit     384 Rxns

單細胞起始的DNA測序文庫構建

SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit：

· 高重現(xiàn)性和準確性：可用于CNV、SNV和非整倍體檢測

· 在SNV和CNV檢測方面優(yōu)于MDA技術

· 三小時的工作流程，手動操作時間不到30分鐘

· 均勻的高覆蓋率，低的等位基因插入率和脫扣率

■ 應用：

適用于以下細胞類型的文庫制備：

· 癌癥研究：循環(huán)腫瘤細胞（CTC）,激光捕獲顯微切割（LCM）細胞或DNA，以及細針抽吸（FNA）細胞；

· 生殖健康研究：胚胎細胞和循環(huán)胎兒細胞；

· 發(fā)育生物學：胚胎細胞，干細胞和稀有細胞；

· 宏基因組學和微生物學：微生物細胞，微生物組和環(huán)境樣品。

■ 產(chǎn)品說明：

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit (PicoPLEX Gold) 是一種旨在從單細胞中生成高質量的DNA文庫，以便在Illumina平臺進行測序的試劑盒。該試劑盒基于PicoPLEX技術，優(yōu)化用于檢測拷貝數(shù)變異 (CNVs)、單核苷酸變異 (SNVs)、插入缺失 (indels) 和結構變異 (SV)。PicoPLEX Gold kit在SNV檢測中表現(xiàn)出比MDA技術更好的性能。

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit不包含index。兼容的SMARTer Index如下所述，需要單獨購買。

PicoPLEX WGA是一種在被廣泛用于檢測單細胞中CNV的全基因組擴增（WGA）技術。初，PicoPLEX技術主要用于高再現(xiàn)性的檢測非整倍體異倍性和CNV。為了滿足準確檢測SNV的需求，對PicoPLEX WGA技術中的酶、引物和protocols進行了進一步優(yōu)化，不僅提升了擴增的覆蓋度、*性、準確性，同時提高了CNV、SNV、Indel和其他SV的分辨率，并且保持了高重現(xiàn)性。

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit可以固定細胞或非固定細胞起始，只需簡單的4步操作流程，即可在3小時內(nèi)完成Illumina NGS文庫的構建，且手動操作時間非常短。

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SMARTer DNA HT dual index kits

SMARTer DNA HT dual index kits是與SMARTer ThruPLEX或SMARTer PicoPLEX文庫制備試劑盒搭配使用，用以構建Illumina測序文庫的index引物試劑盒。這些試劑盒包含Illumina Nextera® XT v2 index序列對應的index引物，多可提供384種不同的雙端index，用于樣本混合測序時的區(qū)分。其中index引物預先分裝在4個的不同條形碼標記的index微孔板中，每個微孔板可提供不同的96種index組合 (Code No.R400660-R400663)，index微孔板（96N Sets A-D）的每個孔提供的量足夠進行一次測序反應；另一種是一套中有24個單獨的反應管，每個反應管中包含不同的雙端index組合（Code No.R400664），且每個反應管（24N）提供的量足夠進行兩次測序反應。

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SMARTer DNA single index kits是與SMARTer ThruPLEX或SMARTer PicoPLEX文庫制備試劑盒搭配使用，用以構建Illumina測序文庫的index引物試劑盒。這些試劑盒包含與“TruSeq LT set A”序列對應的index引物，可提供24種單端index，用于樣本混合測序時的區(qū)分。index引物預先分裝在不同的2組各12個單獨的管中，其中每組可提供12種不同index引物組合（Code No.R400695和R400697）。每個index引物管（12U Sets A-B）提供的量足夠進行8次測序反應。

Rubicon SMARTer PP Gold 測序試劑盒

圖1. SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit技術。

PicoPLEX Gold的技術概要。通過step1裂解細胞獲得gDNA，通過隨機引物進行預擴增 (step 2)，然后進行指數(shù)擴增得到測序文庫（step 4）。

圖2. PicoPLEX Gold的主要特點：高覆蓋度，高均勻性，和高重現(xiàn)性 (與A產(chǎn)品技術相比)。

Panel A. 圖中顯示在不同深度的測序中覆蓋的堿基數(shù) (～35M read pairs，PE 2 × 150 bp) 。PicoPLEX Gold在較低深度的覆蓋度與A產(chǎn)品 (MDA) 相似，在較高深度的覆蓋度高于A產(chǎn)品（MDA）。
Panel B. 以gDNA樣本 (NA12878) 和單細胞樣本 (GM12878) 起始，使用PicoPLEX Gold和A產(chǎn)品進行全基因組擴增。相比較于MDA，PicoPLEX Gold顯示出更均勻的覆蓋度。
Panel C. 評估覆蓋度的重現(xiàn)性。與A產(chǎn)品 (右) 相比，PicoPLEX Gold (左) 的在兩個單細胞群之間的*性明顯更好。